燃料電池的分類多樣式變化，根據(jù)產(chǎn)電原理、電池結(jié)構(gòu)以及操作條件等特點可以分為以下幾類。根據(jù)產(chǎn)電原理不同可分為間接和直接。間接顧名思義是指先利用微生物反應(yīng)器將有機底物中的能量轉(zhuǎn)化為小分子有機物如甲酸、甲醇、甲烷等或氫氣然后通過化學(xué)燃料電池將上述有機物或氫氣進行氧化并產(chǎn)生電流的一類微生物燃料電池。而直接是指利用附著在陽極電極上的產(chǎn)電菌的代謝作用直接氧化廢水中的有機底物將其能量直接轉(zhuǎn)化為電流的一種微生物燃料電池。雖然總體來說由于間接利用化學(xué)燃料電池產(chǎn)電性能較高但由于直接結(jié)構(gòu)簡單易于維護且成本低廉目前絕大部分的采用的都是直接兩種。

燃料電池的種類很多，分類方法也有多種。主要的有兩種：一是根據(jù)燃料反應(yīng)過程將燃料電池分為直接燃料電池、再生燃料電池與非直接燃料電池。與一次、二次電池相對應(yīng)，燃料電池也有直接的和再生燃料電池，前者電池反應(yīng)物被排放掉，而后者可將產(chǎn)物再生為反應(yīng)物。第三種電池為非直接燃料電池，分為兩種類型。一種是對有機燃料的加工，使其轉(zhuǎn)變成氫;另一種是生物化學(xué)燃料電池，生化物質(zhì)在酶的作用下產(chǎn)生氫。

直接燃料電池進一步的細(xì)分是依其工作溫度分為低溫、中溫、高溫及超高溫，對應(yīng)的溫度范圍分別是25一100`C,100-5001,500--1000℃及大于10001。不同溫度范圍使用的燃料電池的類型，其中有些燃料是可以直接利用的，如氫。有機化合物然料需經(jīng)重整后使用，如烴類、醇類等。碳或石墨也可考慮作m料。已使用的含氮燃料是氨、脫(NH,-NH,，又稱聯(lián)氨)。在所有實際燃料電池中使用的氧化劑是純氧或空氣。

最常用的分類方法是根據(jù)電解質(zhì)的性質(zhì)。將燃料電池劃分為五大類，堿性燃料電池AFC(AlkalineFuelCell),磷酸燃料電池PAFC(PhosphorousAcidFuelCell)、熔融碳酸鹽燃料電池MCFC(MoltenCarbonateFuelCell)、固體氧化物燃料電池SOFC(SolidOxideFuelCell)、質(zhì)子交換膜燃料電池PEMFC(ProtonExchangeMembraneFuelCell)。